蘇花改工程因遇史前漢本遺址，可能影響通車時程。交通部長陳建宇說，如果蘇花改經過漢本的路線要挪移，評估要花27億元，且先前工程的花費30億元將全泡湯。

陳建宇表示，如果蘇花改路線更改，要再經過重新環評，通車時間將從民國107年延後到民國116年。

民間組成的「邁向國定遺址─漢本前線」，曾希望蘇花改經過漢本遺址處，更改路線；他們今天到交通部提出評估挪移工程附屬設施的可能，爭取不影通車，又可增加遺址保存面積方案。

2012年3月5日，蘇花改工程位於南澳至和平段的谷風隧道施工時，意外挖到一批古文物，公路總局立即依文化資產保護法，暫緩隧道工程，由中央研究院歷史語言研究所研究員劉益昌主導搶救計劃。

搶救團隊推算，漢本遺址距今約1000年，原本只挖掘3公尺的第1文化層，但後來發現更深的地方有第2文化層，深度可能達8公尺，需要更多時間挖掘，希望能延長合約時間。