記者吳孟珉／台南報導
　針對行政院規劃自由經濟示範區及特別條例，市長賴清德強調，有十大質疑，對政院版草案的質疑包括：
　一、條例空白授權，架空立法權。條例草案七十三個條文高達三十三個條文均授權由行政機關以法規命令定之，幾乎達二分之一的條文。空白授權的立法模式，不但是架空立法權，也使政策充滿不確定性。
　二、得進駐自經區的產業未明訂於條例，法案空洞化不符合責任政治基本要求。
　三、自由貿易港和示範區分屬兩個主管機關，疊床架屋權責難分。具備自由貿易港身分的六港一空皆已納入第一階段的自由經濟示範區，然而自貿港的主管機關是交通部，自經區的主管機關則是經濟部，讓進駐廠商無所適從。
　四、草案規定管理機關所例權責事項包山包海，形同「小行政院」，權責過大。賴清德表示，依條例草案規定，示範區內將設管理機關，經查其所列的權責事項，根本包山包海，幾乎是一個小行政院，權限會不會過大？
　五、草案內示範區有「實體特區」、前店後廠的「虛擬區」及指定試點，區內外適用不同法規，違反行政法相同事項應為相同待遇之原則。
　六、新設自經示範區的申設程序，可豁免國土政策許多重要法規，將使國土規劃與保育功能盪然無存。
　七、草案設定自經區條例施行期間為十年，期滿落日後，未清楚交待未來如何轉型或將歸零。
　八、示範區內開設申請形同「普設」，將使資源分散。示範區條例開放申設，甚至可以徵地新設，將造成全國處處皆為示範區，偏離「示範」的功能與意義。
　九、農業加值應以扶植台灣農業優先，不宜開放中國農產品入區做加工原料。示範區內產業中，農業加值部分本應以拓展本國農產品之推廣應用，扶植台灣農業為優先；若開放中國大陸農產品入區內作為加工原料，勢必將挾其價格優勢，造成台灣農產品角色遭替代。
　十、自經區內「國際健康」的「前店後廠」設計，是否磁吸醫療人才與資源，使內、外、婦、兒、急診「五大皆空」，影響國人就醫權利。